孢子菌毛囊炎通常可以使用抗真菌药物来治疗，一般外用和内服药物结合效果较好。比如外用的有联苯苄唑乳膏等，内服的有伊曲康唑胶囊等。一般坚持规范用药，多数患者能取得较好疗效。
外用抗真菌药物选择
联苯苄唑乳膏： 属于苯咪唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。它可以直接涂抹在患处，一天使用1次，能有效抑制孢子菌的生长繁殖。使用时要注意，避免接触眼睛和其他黏膜部位。酮康唑乳膏： 同样是抗真菌外用药物，能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜的合成。一般每天涂抹2次，对于孢子菌毛囊炎的局部症状有改善作用。不过，对酮康唑过敏的人不能使用。
内服抗真菌药物情况
伊曲康唑胶囊： 是一种合成的三氮唑衍生物，可抑制真菌细胞麦角甾醇的合成，从而发挥抗真菌效应。对于病情较严重的孢子菌毛囊炎患者，医生可能会开具伊曲康唑胶囊，一般需要按照疗程服用。但孕妇、哺乳期妇女以及有严重肝肾功能不全的人要慎用。氟康唑胶囊： 也是常用的内服抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的生物合成来发挥作用。它可以口服，具体的用药剂量和疗程要根据患者的病情由医生来确定。有药物过敏史的人要提前告知医生。
用药时的注意事项
皮肤清洁方面： 在用药治疗孢子菌毛囊炎期间，要保持皮肤清洁干燥。可以每天用温水清洗患处，但要注意水温不宜过高，一般30~40℃比较合适，清洗后要及时擦干水分。生活习惯调整： 要注意避免出汗过多，因为潮湿的环境容易滋生孢子菌。尽量穿宽松、透气的衣物，尤其是贴身的内衣，建议选择棉质的，这样有助于保持皮肤干爽。同时，要避免搔抓患处，防止皮肤破损引起感染加重。特殊人群用药： 对于儿童患者，使用抗真菌药物要格外谨慎。儿童的肝肾功能还未发育完全，药物代谢能力较差，所以在选择药物和确定用药剂量时，一定要严格遵循医生的指导，不能自行随意用药。比如儿童使用伊曲康唑时，要根据体重等情况精准计算剂量。