孢子菌毛囊炎主要由马拉色菌感染引起，治疗药物主要有抗真菌药物。一般可以使用酮康唑洗剂等辅助清洁，同时外用抗真菌药膏，比如酮康唑乳膏等。
外用抗真菌药物
酮康唑乳膏： 属于咪唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢过程，从而发挥抗真菌作用。可以局部涂抹在患处，抑制马拉色菌的生长繁殖。联苯苄唑乳膏： 能抑制真菌细胞膜的合成，对皮肤癣菌及念珠菌等有抗菌作用。用法是清洁皮肤后，取适量乳膏均匀涂抹于患处，一日1次。
口服抗真菌药物
伊曲康唑胶囊： 为合成的三氮唑衍生物，可抑制真菌细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗菌作用。对于病情较严重的孢子菌毛囊炎患者，可在医生评估后使用，但需要注意其可能对肝脏有一定影响，用药期间需监测肝功能。氟康唑胶囊： 也是一种广谱抗真菌药，能抑制真菌的甾醇合成，对马拉色菌有较好的抑制效果。口服后吸收良好，可用于治疗孢子菌毛囊炎，但同样要注意可能的肝毒性等不良反应。
用药注意事项
皮肤破损者慎用： 外用抗真菌药膏时，如果皮肤有破损、糜烂等情况，使用后可能会引起刺激症状，如局部灼热、疼痛等，所以皮肤破损者要谨慎使用。孕妇及哺乳期女性： 口服抗真菌药物如伊曲康唑、氟康唑等，对胎儿或婴儿可能有影响，孕妇及哺乳期女性应避免使用，如需使用需在医生权衡利弊后决定。儿童患者： 儿童使用抗真菌药物需格外谨慎，一般不推荐儿童首选口服抗真菌药治疗孢子菌毛囊炎，外用药物相对更安全，但也需在医生指导下使用，密切观察用药反应。