扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起，比如儿童时期患急性扁桃体炎，若治疗不彻底或反复发作，就容易导致扁桃体肥大，据统计，儿童期扁桃体炎反复发作是引发扁桃体肥大的常见原因之一。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌感染，这种细菌会反复侵袭扁桃体，引发炎症反应，长期刺激就会使扁桃体组织增生肥大。比如在学校等集体环境中，儿童容易因接触而感染这类细菌。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等感染也可引起扁桃体炎症，进而导致扁桃体肥大。例如腺病毒感染引发的咽结膜热，就常伴有扁桃体肿大的症状。
自身免疫因素影响
人体自身免疫系统异常时，也可能导致扁桃体肥大。当免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来异物进行攻击时，会引发炎症反应，促使扁桃体组织增生肥大。不过这种情况相对细菌、病毒感染导致的比例要低一些，但也是扁桃体肥大的一个原因。
年龄因素相关
儿童时期： 儿童的扁桃体处于活跃的免疫状态，更容易受到各种病原体的侵袭，所以儿童扁桃体肥大的发生率相对较高。一般3 - 10岁是扁桃体肥大的高发年龄段，这与儿童免疫系统发育不完善以及接触病原体的机会较多有关。成人时期： 成人扁桃体肥大相对较少见，但如果成人既往有反复的扁桃体炎症病史，也可能出现扁桃体肥大情况，不过相比儿童，比例低很多。