扁桃体充血肥大通常是由多种因素引起的。一般来说，急性扁桃体炎反复发作是常见原因之一，这种情况可能会让扁桃体反复受到炎症刺激，进而出现充血肥大的表现。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌感染，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等细菌感染也可能引发扁桃体充血肥大。比如，当人体抵抗力下降时，这些细菌容易侵入扁桃体，引发炎症反应，导致扁桃体充血、肿胀甚至肥大。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等感染也可引起扁桃体充血肥大。例如，腺病毒感染后，扁桃体往往会出现明显的充血症状，同时可能伴有肿大。
自身免疫因素相关
当人体自身免疫系统出现异常时，也可能导致扁桃体充血肥大。比如，自身免疫性疾病可能会累及扁桃体，使得扁桃体发生免疫反应，出现充血、肥大的情况。不过，这种情况相对来说比较少见，但也是引发扁桃体充血肥大的一个因素。
邻近器官炎症蔓延
鼻腔、鼻窦的炎症可以蔓延至扁桃体，引起扁桃体充血肥大。例如，鼻窦炎时，炎症产生的分泌物可能通过后鼻孔蔓延到扁桃体，刺激扁桃体导致其充血、肿大。另外，咽部其他组织的炎症，如咽炎等，也可能波及扁桃体，引发扁桃体的充血肥大。