长时间看手机后眼睛疼，可能的原因包括视疲劳、干眼症、青光眼等，需要依据不同情况采取不同治疗方法。
一、视疲劳：当长时间观看电视、手机等电子产品屏幕时，眼睛眨眼次数会不自觉减少，致使泪液分泌降低，进而出现眼干、眼酸胀等表现。对此，可以通过热敷以及做眼保健操来促进局部血液循环，以缓解症状，同时要注意适当闭眼休息。
二、干眼症：这是由于泪液不稳定或眼表受到损伤而引起的眼部不适，可能与泪液分泌不足、泪液蒸发过多、泪液成分异常等因素有关，可能出现眼睛灼烧感、眼疲劳感等症状。治疗上可在医生指导下使用硝酸毛果芸香碱滴眼液、甲硫酸新斯的明滴眼液等药物。
三、青光眼：是指因眼压升高而导致的视野缺陷和视神经萎缩，可能和基因异常、炎症、化学性物质损伤等因素相关，可能有眼痛、眼红等症状。可在医生指导下使用盐酸左布诺洛尔滴眼液、盐酸卡替洛尔滴眼液等药物进行治疗。
此外，还可能是结膜炎、角膜炎等原因导致，建议及时前往医院明确疾病并对症治疗。
总结：看手机时间长眼睛疼的原因多样，主要有视疲劳、干眼症、青光眼等，还可能有其他因素。明确原因后采取针对性治疗措施很重要。