孢子菌毛囊炎通常可以使用抗真菌药物来治疗，其中伊曲康唑相对较为常用，一般规范使用抗真菌药物能取得较好效果，但具体效果也因个体差异有所不同。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂：可以抑制马拉色菌的生长繁殖，使用时取适量涂抹在患处，轻轻按摩后冲洗掉，每周可使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，直接涂抹于患处，一天使用1次，能起到抑制孢子菌的作用。
口服抗真菌药物选择
伊曲康唑胶囊：是治疗孢子菌毛囊炎常用的口服药，它能干扰孢子菌的细胞色素P450依赖性酶系统，抑制其细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌功效。一般需要按疗程服用，但要注意肝功能情况，用药前和用药过程中需监测肝功能。氟康唑片：也可用于治疗孢子菌毛囊炎，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，达到抗真菌目的。不过也需要关注对肝脏等器官的影响，同样要在医生指导下根据个体情况使用。
日常护理注意事项
保持皮肤清洁：要经常洗澡，尤其是出汗后及时清洁皮肤，保持皮肤干爽，建议使用温和的沐浴产品，避免过度清洁破坏皮肤屏障。避免搔抓：患病部位尽量不要用手搔抓，防止抓破皮肤引起继发感染，加重病情。注意衣物透气性：穿着宽松、透气的衣物，尤其是贴身的内衣，尽量选择棉质等透气性好的材质，减少皮肤与不透气衣物的长时间接触，降低局部温度和湿度，不利于孢子菌生长。