衣原体肺炎的症状表现多样，常见的有发热，体温可达到38℃左右，甚至更高。一般起病较缓慢，病程相对较长。
呼吸系统症状表现
咳嗽： 多为刺激性干咳，可持续较长时间，有的患者咳嗽会持续数周。比如儿童感染衣原体肺炎后，常常会出现长时间的刺激性咳嗽，影响睡眠和日常生活。咳痰： 一般咳痰量较少，痰液多为白色黏液痰。但严重时可能会出现少量脓性痰。
全身症状表现
乏力： 患者会感觉全身没有力气，活动耐力明显下降，稍微活动就会感到疲惫。头痛： 部分患者会出现头痛症状，疼痛程度因人而异，有的是轻微胀痛，有的可能较为明显。
其他伴随症状
呼吸急促： 病情较重时，可能会出现呼吸频率加快，尤其是在活动后更为明显。比如原本平静状态下呼吸频率是每分钟16 - 20次，感染衣原体肺炎后可能会增加到每分钟25次以上。咽喉不适： 有些患者会有咽喉疼痛、咽干、咽痒等不适感觉。