肠炎的成因较多，比如感染因素，像细菌感染就是常见原因之一，像大肠杆菌等细菌感染肠道后，可能引发肠炎，据统计，由细菌感染导致的肠炎占比能达到一定比例。另外，病毒感染也会引发肠炎，轮状病毒就是常见的引起婴幼儿肠炎的病毒。
感染因素导致
细菌感染： 像沙门氏菌、大肠杆菌等细菌侵入肠道后，会在肠道内繁殖，刺激肠道黏膜，引发炎症反应。例如，食用了被沙门氏菌污染的食物，就可能患上肠炎。病毒感染： 轮状病毒是引起儿童肠炎较为常见的病毒，多在秋冬季节流行，通过粪 - 口途径传播，感染后会导致肠道黏膜受损，出现腹泻、呕吐等肠炎症状。
自身免疫因素
自身免疫性肠炎： 比如溃疡性结肠炎，就是一种自身免疫介导的肠道炎症性疾病。患者自身的免疫系统错误地攻击肠道黏膜，导致肠道持续炎症，病程往往比较长，容易反复发作。其发病机制与自身免疫系统紊乱有关，目前具体的诱发自身免疫反应的因素还在研究中，但可以确定自身免疫异常是重要的致病原因。
饮食因素
不洁饮食： 长期食用变质、被污染的食物，或者进食过多辛辣、油腻、刺激性食物，都可能刺激肠道，引发肠炎。比如，吃了过期变质的水果，其中的有害微生物会破坏肠道正常菌群，引发肠道炎症。食物过敏： 有些人对特定食物过敏，比如对牛奶中的蛋白质过敏，食用后会引起肠道的过敏反应，出现肠炎症状，表现为腹痛、腹泻、皮疹等。
药物因素
长期服用某些药物： 像非甾体类抗炎药，如阿司匹林等，长期服用可能会损伤肠道黏膜，影响肠道的正常功能，从而引发肠炎。这类药物会抑制肠道内前列腺素的合成，而前列腺素对维护肠道黏膜的完整性有重要作用，长期使用就容易导致肠炎发生。