扁桃体充血肥大通常是由多种因素引起的。一般来说，细菌和病毒的反复感染是常见原因之一，比如A组乙型溶血性链球菌反复感染，可能在1年内反复发生扁桃体炎达4-5次及以上时，就容易导致扁桃体充血肥大。
一、感染因素
病毒感染： 常见的是EB病毒、腺病毒等感染。例如腺病毒感染引起的扁桃体炎，可使扁桃体出现充血、肿大的情况，一般病程可能持续1-2周左右，但如果反复感染，就容易导致扁桃体长期充血肥大。细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，金黄色葡萄球菌等细菌感染也可能引发扁桃体充血肥大。当细菌在扁桃体隐窝内繁殖，刺激扁桃体组织，就会导致扁桃体充血、肿胀。
二、自身免疫因素
人体自身免疫反应也可能参与扁桃体充血肥大的过程。当身体的免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来病原体进行攻击时，会引起扁桃体的炎症反应，导致充血肥大。比如在一些自身免疫性疾病相关的情况下，扁桃体可能会受到牵连出现充血肥大的表现。
三、邻近器官炎症蔓延
邻近器官的炎症蔓延也可导致扁桃体充血肥大。例如咽炎、鼻炎等炎症，如果不及时控制，炎症可能会蔓延至扁桃体，引起扁桃体的充血、肥大。像鼻炎患者鼻腔分泌物倒流刺激扁桃体，就容易使扁桃体反复受到刺激而充血肥大。
四、其他因素
长期吸烟、饮酒等不良生活习惯也可能诱发扁桃体充血肥大。烟草中的尼古丁等有害物质以及酒精的刺激，会损害扁桃体的局部黏膜和免疫功能，增加扁桃体感染和充血肥大的风险。此外，空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒等刺激扁桃体，也可能导致其充血肥大。