川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。目前认为川崎病可能是由多种病原体（如病毒、细菌等）感染后，触发了人体的异常免疫反应所引起。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒等。不过具体是哪种病毒以及如何引发川崎病的详细机制还在进一步探索中。细菌感染： 某些细菌感染也被推测可能参与川崎病的发病过程，像链球菌等细菌感染后，可能会引发机体的免疫紊乱，从而增加患川崎病的风险，但具体的关联机制还需更多研究来明确。
免疫因素相关
异常免疫反应： 川崎病患者体内会出现免疫系统的异常激活。例如，机体的淋巴细胞等免疫细胞会过度活化，产生大量的细胞因子等炎症介质，导致全身血管的炎症反应，进而出现发热、皮疹、结膜充血、口唇皲裂等一系列川崎病的典型症状。这种异常免疫反应可能是遗传易感性和外界环境因素共同作用的结果。
遗传因素相关
遗传易感性： 有一定的研究表明，川崎病的发生可能存在遗传易感性。也就是说，某些特定的基因变异可能会使个体更容易患上川崎病。比如，一些与免疫调节相关的基因发生突变或多态性改变时，就可能影响机体对病原体感染的免疫应答，增加川崎病的发病几率。但目前对于具体涉及的遗传基因及相关机制还在深入研究当中，还不能明确具体是哪些基因起关键作用以及具体的作用方式。