川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染等因素触发的异常免疫反应所引起。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒等。虽然具体机制还不十分清楚，但病毒感染可能作为触发因素，引发身体的免疫反应异常。细菌感染： 部分研究发现，某些细菌感染也可能与川崎病的发病存在关联，不过具体的细菌种类及作用机制还在进一步探索中。
免疫因素相关
异常免疫激活： 川崎病患儿体内会出现免疫系统的异常激活。例如，体内的淋巴细胞等免疫细胞会被过度激活，产生大量的细胞因子等炎症介质，导致全身血管的炎症反应，进而出现发热、皮疹、结膜充血等一系列川崎病的典型表现。自身免疫反应： 免疫系统可能错误地攻击自身血管，引发血管的炎症性病变，影响全身多个部位的血管，尤其是中小动脉。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现，川崎病的发生存在一定的遗传易感性。有部分基因的突变或多态性可能增加个体患川崎病的风险。比如某些与免疫调节相关的基因，如果发生变异，可能使个体更容易在感染等因素刺激下发生川崎病相关的免疫反应异常。但遗传因素并不是单独致病的因素，通常是在遗传易感性基础上，结合外界环境等因素才会发病。