蛋白过敏症状可体现在多个方面。一般来说，皮肤方面可能出现皮疹，约有10%-20%的蛋白过敏患儿会先出现皮肤症状，像湿疹就是常见的表现，宝宝皮肤会变得粗糙、瘙痒，还可能有红斑、丘疹等；呼吸道方面，可能出现咳嗽、喘息等症状，严重的可能在接触蛋白后几分钟到几小时内就出现呼吸困难；消化系统方面，会有恶心、呕吐、腹泻等表现，有的宝宝可能频繁腹泻，大便性状改变，甚至出现血便。
皮肤表现：
皮疹出现： 蛋白过敏引发的皮疹形态多样，常见的有红斑、风团等。婴儿时期可能以湿疹样皮疹为主，好发于面部、颈部等部位，皮肤干燥、脱屑且伴有明显瘙痒，宝宝会不停地搔抓。据统计，约有半数以上蛋白过敏的婴幼儿会首先出现皮肤的湿疹表现。血管性水肿： 这也是皮肤方面的一种表现，可能会出现眼睑、口唇等部位的肿胀，严重时可能影响呼吸等功能，不过相对皮疹来说出现概率稍低，但也是蛋白过敏可能导致的皮肤相关症状之一。
呼吸道表现：
咳嗽喘息： 当机体接触蛋白后，呼吸道可能受到刺激，引发咳嗽，有的还会伴有喘息。对于过敏体质的宝宝，接触蛋白后可能在数分钟内就出现刺激性咳嗽，之后可能发展为喘息，类似哮喘的症状表现，但和典型哮喘又有所不同，是由蛋白过敏引起的呼吸道反应。鼻塞流涕： 部分蛋白过敏患儿会出现鼻塞、流涕等类似感冒的呼吸道症状，但使用抗感冒药物治疗效果不佳，这是因为是蛋白过敏导致的呼吸道黏膜反应，而不是真正的感冒病毒感染引起。
消化系统表现：
呕吐腹泻： 消化系统对蛋白过敏比较敏感，摄入蛋白后可能很快出现呕吐症状，小婴儿可能表现为吐奶加重，较大的孩子会出现恶心、呕吐。腹泻也是常见症状，大便次数增多，可能从每天几次到十几次不等，大便性状稀溏，严重的可能呈水样便。有的宝宝还可能出现腹痛，表现为哭闹不安等。拒食哭闹： 由于消化系统不适，宝宝可能会出现拒食情况，因为进食蛋白类食物会让身体不适，所以会抗拒吃奶或辅食，同时可能因为腹部不适而哭闹不止，这也是蛋白过敏在消化系统方面较为明显的症状表现。