肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。
肛腺感染引发
肛腺位置特点： 肛腺位于直肠肛管周围，开口于肛管直肠交界处的肛窦。肛窦容易存留粪便，一旦发生感染，炎症就会蔓延至肛腺。比如，当大便干结划伤肛窦后，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎。感染扩散途径： 肛腺感染后，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延。因为这些间隙内的脂肪组织丰富，感染容易扩散，从而形成肛周脓肿。
其他感染因素导致
皮肤感染蔓延： 肛周皮肤的疖肿、毛囊炎等感染，若没有得到及时有效的处理，感染灶可能会向深部蔓延，波及肛周组织，引发肛周脓肿。例如，肛周皮肤长了一个小疖子，细菌进一步深入，就可能导致肛周脓肿的形成。免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体免疫力相对较低，更容易受到细菌感染，包括肛周部位的感染，进而增加肛周脓肿的发病风险。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高不少。
肛门损伤相关因素
外伤引起： 肛门部位受到外伤，如异物损伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛周组织，引发感染形成脓肿。比如，不小心被尖锐物体刺伤肛门周围，就为细菌入侵创造了条件。医源性损伤： 在一些医疗操作中，如肠镜检查时，如果操作不规范，可能会损伤肛管直肠黏膜，导致细菌进入周围组织，引发肛周脓肿。虽然这种情况相对较少，但也需要引起重视。