引起肛周脓肿的主要原因主要与肛腺感染、肛门周围皮肤感染以及身体免疫力低下等因素有关。其中，肛腺感染是最常见的原因，约占80%左右。
一、肛腺感染导致
肛腺堵塞： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，进而累及肛腺。当肛腺感染后，炎症会沿肛腺导管向周围组织蔓延，从而引发肛周脓肿。比如，长期便秘的人，粪便容易擦伤肛窦，增加肛腺感染风险。肛腺炎症扩散： 肛腺感染后炎症不断发展，会形成脓肿。细菌在肛腺内繁殖，产生的毒素和炎症介质会使周围组织发生炎性反应，逐渐形成脓肿病灶。
二、肛门周围皮肤感染引发
皮肤破损感染： 肛门周围皮肤如果有破损，如擦伤、抓伤等，细菌就容易侵入破损处并感染。例如，肛门周围皮肤潮湿，加上粪便污染，皮肤破损后更易被大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等细菌感染，进而引发肛周脓肿。毛囊炎感染蔓延： 肛门周围的毛囊如果发生毛囊炎，炎症可能向深部组织扩散。毛囊被细菌感染后，炎症逐渐加重，可波及周围组织，导致肛周脓肿的形成。
三、身体免疫力低下所致
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌侵袭。高血糖环境有利于细菌生长繁殖，使得肛周感染的几率增加，更容易发生肛周脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。长期使用免疫抑制剂者： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌等病原体的抵御能力减弱，容易发生各种感染，包括肛周感染，进而引发肛周脓肿。