肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。比如，肛腺开口于直肠肛管交界处的肛窦处，若肛窦受损伤，细菌就容易侵入肛腺并蔓延，从而引发肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 腹泻、便秘等情况容易导致肛窦损伤，一旦肛窦受损，细菌就有可乘之机进入肛腺。例如，长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛管时很容易擦伤肛窦，使得细菌容易侵入。肛腺阻塞： 肛腺分泌的黏液能起到润滑肠道的作用，但如果肛腺导管发生阻塞，黏液排出不畅，就为细菌滋生创造了条件，进而引发感染形成肛周脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，更容易受到细菌感染，包括肛周的细菌感染，从而增加患上肛周脓肿的风险。一般来说，糖尿病患者血糖长期高于正常范围（空腹血糖≥7.0mmol/L，餐后2小时血糖≥11.1mmol/L）时，免疫力下降更明显。长期使用免疫抑制剂人群： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的身体免疫功能被抑制，对细菌等病原体的抵御能力减弱，肛周部位就容易发生感染形成肛周脓肿。
局部卫生因素
不注意肛周清洁： 平时不注重肛周清洁，粪便等污染物容易残留，会刺激肛周皮肤和肛窦，增加感染的几率。比如，有些人很少清洗肛门，粪便残渣长时间附着在肛周，就为细菌繁殖提供了温床。肛门局部损伤： 如肛门部位受到外伤、搔抓等，皮肤黏膜受损后，细菌容易入侵引发感染。例如，肛周皮肤被异物划伤，若没有及时处理，就可能导致细菌感染进而发展为肛周脓肿。