巨细胞病毒感染发病时症状多样，不同人群表现可能有差异。一般来说，婴幼儿感染巨细胞病毒后，约10%会出现明显症状，如肝脾肿大，可在体检时发现肝脏和脾脏比正常增大；还可能有皮肤黄疸，皮肤和巩膜呈现黄色。
婴幼儿感染症状
发热表现： 部分婴幼儿感染巨细胞病毒后会出现发热，体温可能达到38℃~39℃，且发热持续时间不定，有的可能持续数天。呼吸系统症状： 可能出现咳嗽，咳嗽程度轻重不一，有的是轻微咳嗽，有的可能较为频繁，严重时可能影响吃奶和睡眠。
成年人感染症状
全身症状： 成年人感染后，多数人会有全身乏力的感觉，觉得没精神，做稍微活动就容易疲惫。还可能伴有低热，体温在37.5℃~38℃左右。消化系统症状： 部分人会出现食欲减退，不想吃东西，有的还可能有恶心的感觉，少数人会有呕吐情况。
免疫功能低下人群症状
严重感染表现： 对于免疫功能低下的人，比如艾滋病患者感染巨细胞病毒后，可能会出现更严重的情况，像肺炎，表现为呼吸困难、气促，活动后气短明显加重；还可能影响胃肠道，出现腹痛、腹泻，腹泻严重时一天可达数次甚至十余次，导致脱水等问题。神经系统症状： 少数免疫功能低下者可能出现神经系统症状，如头痛，头痛程度因人而异，有的是轻微胀痛，有的可能较为剧烈，还可能伴有意识模糊等情况。