小孩半夜发热39度是较为严重的情况，可能引发高热惊厥。对此可采取以下措施：
一、就医治疗：家长应尽快带小孩前往医院，进行血常规等检查，在医生指导下服用口服退热药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
1.布洛芬：能通过抑制前列腺素的合成，发挥解热镇痛作用。
2.对乙酰氨基酚：具有良好的退热效果。
二、冷敷：可采用冷毛巾敷在小孩额头，或用毛巾包裹冰块敷在颈部、腋下等部位，这样可降低体温，帮助退热。
三、拭浴：家长可用温热的毛巾擦拭小孩血液循环较密集的部位，如头颈、四肢、腋窝等，帮助孩子降温。
(1)头颈：该部位血管丰富，擦拭有助于散热。
(2)四肢：能促进热量散发。
(3)腋窝：也是重要的散热区域。
家长在进行冷敷或拭浴时，切勿使用酒精。因为小孩角质层薄、血液循环快，酒精擦拭可能导致酒精透皮吸收入血，严重时会引发酒精中毒。
总之，小孩半夜发热39度需引起高度重视，要根据具体情况及时采取合理的应对措施，以保障孩子的健康和安全。