新生儿黄疸是新生儿时期常见的现象，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸。其主要原因分为以下几类：
胆红素生成过多
红细胞数量多且寿命短： 新生儿出生时红细胞数量较多，出生后过多的红细胞被破坏，胆红素产生增加。胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞代偿性增多，出生后血氧含量升高，过多红细胞被破坏，导致胆红素生成过多。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶在生后1-7天内含量高，使血红素转化为胆红素的过程加快，进而使得胆红素生成增多。
肝脏胆红素代谢障碍
肝细胞摄取胆红素能力不足： 新生儿出生时肝细胞内Y、Z蛋白含量低，通常要到生后5-10天才达到正常水平，这就导致肝细胞摄取胆红素的能力不足，使得胆红素在体内堆积。肝脏结合胆红素功能差： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）含量低且活性不足，约需2周才能达到成人水平，所以肝脏结合胆红素的功能较差，影响胆红素的代谢。
胆汁排泄障碍
胆管堵塞： 先天性胆道闭锁是导致新生儿胆汁排泄障碍的常见原因之一，胆道闭锁会使胆红素无法正常通过胆道排泄，从而在体内积聚引起黄疸。新生儿肝炎： 新生儿感染病毒等病原体后引发肝炎，会影响肝细胞的功能和胆汁的排泄，导致胆红素排泄受阻，出现黄疸症状。