长病毒性软疣可以通过多种方法治疗，一般可以采用物理治疗、外用药物治疗等方式。通常物理治疗中的冷冻治疗较为常用，通过低温使软疣小体坏死脱落，一般1~2周可能会有效果。
物理治疗方法
冷冻治疗： 医生会用低温的冷冻器械接触疣体，使疣体组织坏死脱落。这种方法相对简便，不过可能会有局部疼痛等情况，一般经过1 - 2次冷冻可能能去除疣体。激光治疗： 利用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗对于较小的软疣效果较好，但术后要注意保持创面清洁，避免感染。
外用药物治疗
斑蝥素： 是一种可以用于治疗病毒性软疣的药物，它能引起疣体组织的炎症反应，促使疣体脱落。但使用时要注意避免接触正常皮肤，防止刺激正常皮肤。水杨酸： 具有角质剥脱作用，可用于涂抹在软疣患处，帮助去除疣体。不过使用水杨酸时要按照医生指导，注意浓度和使用范围。
日常注意事项
避免搔抓： 长了病毒性软疣后，要尽量避免用手搔抓疣体，因为搔抓可能会导致病毒扩散，使疣体数量增多，还可能引起自身其他部位感染或者传染给他人。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换洗衣物，尤其是贴身衣物。同时，不要与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止病毒传播给他人。增强免疫力： 日常生活中要注意合理饮食，保证营养均衡，适当进行体育锻炼，以增强身体的免疫力，这有助于身体更好地对抗病毒，促进软疣的恢复。例如每天可以进行30分钟左右的中等强度运动，像快走、慢跑等。