月经干净了三天同房有怀孕可能，不过概率较低。如果女性月经正常且周期约28天，此时一般不会怀孕，因为月经刚结束通常无排卵，排卵大概在下次月经前14天左右。然而也存在特殊情况：
一、若女性月经周期较短，如21天左右，月经干净三天就可能排卵；
1.月经受情绪、环境、营养等多方面影响，可能提前或推迟，进而导致排卵也提前或推迟；
(1)若排卵提前，就可能在月经干净三天时出现，此时同房且未采取避孕措施，就可能怀孕。
如果夫妻有备孕需求，建议在排卵期安排同房；若没有备孕需求，平时性生活应做好避孕措施，以防意外怀孕。总之，月经干净三天同房是否会怀孕不能一概而论，需综合多种因素考虑。