月经干净第3天同房是否会怀孕不能确定。一方面一般情况下不会怀孕，因为通常在月经周期中的排卵期怀孕几率才较高，而排卵期一般在月经干净后一周以后，精子排出后在女性体内可存活2到3天，月经干净第3天同房，到排卵期时精子通常已失去活性，所以不会怀孕；另一方面，如果月经周期不规律或周期较短，可能会发生排卵期提前的情况，那么此时在月经第3天同房也有少部分可能会怀孕。
一、一般情况下不会怀孕：
1.正常的月经周期中，排卵期是怀孕几率较高的时期。
2.排卵期通常在月经干净后一周以后。
3.精子在女性体内可存活2至3天，月经干净第3天同房，到排卵期精子多已失去活性。
二、特殊情况下会怀孕：
1.月经周期不规律时。
2.周期较短可能导致排卵期提前。
总之，月经干净第3天同房有不会怀孕的较大可能，但也不能完全排除怀孕的小概率情况，具体还需结合个人的月经周期特点来判断。