月经干净了三天同房有怀孕的可能，但不是绝对会怀孕。女性的排卵期受多种因素影响，一般月经周期规律的女性，排卵期通常在下次月经前14天左右，月经干净三天有可能处于排卵期附近，此时同房怀孕几率相对较高，但不是一定会怀孕，怀孕概率大概在20% - 30%左右。
排卵期的计算方式
月经周期规律的情况： 对于月经周期比较规律，比如28 - 30天一个周期的女性，下次月经前14天左右为排卵日，排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。那月经干净三天是否在排卵期内，需要根据月经周期来算。比如月经周期28天，月经持续5天，月经干净三天就是月经第8天，可能处于排卵期范围内。月经周期不规律的情况： 如果月经周期不规律，就比较难准确推算排卵期，这时候月经干净三天同房就更难判断是否会怀孕了，因为排卵期不固定，可能提前或推迟。
受孕的条件
精子方面： 男性需要有正常的精子排出，并且精子的活力、数量等要正常，才能有受孕的基础。如果男性精子存在问题，比如精子活力低下等，即使在排卵期同房，怀孕几率也会降低。卵子方面： 女性需要有正常的卵子排出，并且卵子要能够正常与精子结合。如果女性卵巢功能异常，不能正常排卵或者排出的卵子质量不好，也不容易受孕。输卵管方面： 输卵管要通畅，这样精子和卵子才能在输卵管内相遇结合形成受精卵，然后受精卵才能被运送到子宫腔内着床。如果输卵管堵塞等，就会影响受孕。
降低怀孕风险的方法
使用避孕措施： 如果不想怀孕，可以选择合适的避孕措施，比如使用避孕套，正确使用避孕套的情况下，避孕成功率能达到90%以上；还可以口服短效避孕药，按照正确的方法服用，避孕效果也比较好，但需要注意可能会有一些副作用，比如月经紊乱等；另外还有宫内节育器，适合已经生育过，没有特殊禁忌的女性使用。观察月经情况： 如果同房后月经推迟超过1周，就需要考虑怀孕的可能，可以用验孕棒检测晨尿，或者到医院抽血检查人绒毛膜促性腺激素（hCG）来明确是否怀孕。