月经干净了三天同房是否会怀孕，不能一概而论，需要根据女性的月经周期、经期长短以及排卵情况等因素来综合判断。
一般来说，女性的排卵日通常在下次月经来潮前的14天左右，排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。在排卵期内同房，怀孕的几率较高。如果女性的月经周期比较规律，经期较短（如2-7天），月经干净后三天可能已经进入排卵期，此时同房怀孕的几率较大。但如果女性的月经周期不规律，或者经期较长（如8-10天），月经干净后三天可能还处于安全期，怀孕的几率较小。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而发生改变。此外，精子在女性体内可存活2-3天，即使在安全期内同房，也不能完全排除怀孕的可能。
对于月经周期不规律、哺乳期、围绝经期等特殊人群，由于排卵时间难以预测，因此安全期避孕法并不适用。这些人群如果没有怀孕计划，建议在同房时采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、放置宫内节育器等。
总之，月经干净后三天同房是否会怀孕，取决于多种因素。如果女性担心怀孕，建议在同房后72小时内服用紧急避孕药，但紧急避孕药不能作为常规避孕方法，频繁使用可能会导致月经失调、内分泌紊乱等问题。如果出现月经推迟、恶心、呕吐等怀孕症状，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。