胃息肉形成的原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，幽门螺杆菌感染是常见原因之一，有研究显示约50%以上的胃息肉患者合并幽门螺杆菌感染。另外，长期服用某些非甾体抗炎药，如阿司匹林等，也可能增加胃息肉发生的风险。还有遗传因素也可能起到一定作用，比如家族性腺瘤性息肉病就与遗传基因突变有关。
幽门螺杆菌感染相关
幽门螺杆菌持续刺激：幽门螺杆菌在胃内生存时，会引发慢性炎症反应，长期的炎症刺激会导致胃黏膜上皮细胞异常增生，进而容易形成胃息肉。据统计，幽门螺杆菌阳性人群中胃息肉的发生率比阴性人群高出不少。免疫炎症反应参与：幽门螺杆菌感染后，人体的免疫系统会被激活，产生一系列炎症介质，这些介质会影响胃黏膜的正常代谢和细胞增殖，使得胃黏膜上皮细胞过度增殖，逐渐形成息肉样病变。
药物因素影响
非甾体抗炎药长期使用：像阿司匹林这类非甾体抗炎药，长期服用会抑制胃黏膜前列腺素的合成，前列腺素具有保护胃黏膜的作用，其合成减少后，胃黏膜的保护屏障受损，胃黏膜容易受到损伤和刺激，从而增加胃息肉发生的可能性。一般来说，连续服用非甾体抗炎药超过3个月，胃息肉发生风险会明显升高。其他药物的潜在影响：一些质子泵抑制剂长期大剂量使用，也可能与胃息肉的形成有一定关联，但相对非甾体抗炎药来说，关联程度稍低一些。不过长期使用这类药物也会改变胃内的酸碱环境和黏膜状态，对胃黏膜产生一定影响。
遗传因素相关
家族性腺瘤性息肉病：这是一种常染色体显性遗传性疾病，患者体内存在特定的基因突变，使得胃黏膜上皮细胞容易发生异常增殖，进而导致大量胃息肉形成。有家族性腺瘤性息肉病家族史的人群，患胃息肉的风险比普通人群高很多，而且发病年龄往往较早。其他遗传性息肉综合征：比如Peutz - Jeghers综合征等，虽然主要表现为肠道息肉，但也可能伴有胃息肉的发生，这些都与遗传因素密切相关，是由于特定的基因缺陷导致的胃肠道黏膜上皮细胞异常增殖所致。