三个月的宝宝晚上睡觉总摇头，需依据病因展开治疗。常见病因涵盖营养素缺乏、睡眠环境影响、湿疹、耳部问题等。具体如下：
一、营养素缺乏：
1.宝宝在生长发育进程中易出现缺钙情况，缺钙后会有摇头、睡眠不安稳、夜间哭闹显著等表现。
2.建议家长为宝宝适当补充钙质，同时搭配一些蔬菜。
二、睡眠环境影响：
1.宝宝年龄小，部分家长因担心孩子着凉，使室内温度较高且给孩子盖得较厚，这样易导致孩子出汗，孩子不会表达就会通过摇头来反应。
2.建议改善睡眠环境，睡眠时室内温度宜保持在22-26℃之间。
三、湿疹：
1.湿疹常发于婴儿头面部，显著症状为瘙痒，宝宝因年幼，会通过来回摇头、摩擦来体现。
2.建议在医生指导下服用盐酸奥洛他定片、消银颗粒等药物。
四、耳部问题：
1.宝宝有耳部症状时，可能出现耵聍栓塞、耳鸣、耳部不适等情况，要及时检查耳部状况，必要时到耳鼻喉科就诊。
总之，当发现三个月宝宝晚上睡觉总摇头时，应仔细排查可能的原因，并根据具体情况采取相应的措施。如果不确定原因或症状持续不缓解，应及时就医，以便明确诊断和进行恰当的治疗。