三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.生理因素：
头部出汗：宝宝头部出汗较多，会感到瘙痒，从而通过摇头来缓解不适。
湿疹：宝宝头皮上有湿疹，会导致瘙痒，使宝宝通过摇头来摩擦缓解。
2.环境因素：
温度过高：室内温度过高，宝宝会通过摇头来散热。
噪音：环境噪音过大，会影响宝宝的睡眠，使宝宝通过摇头来表达不满。
3.缺乏维生素D：宝宝体内缺乏维生素D，会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头等症状。
4.其他：
中耳炎：宝宝患有中耳炎时，会因耳部疼痛而出现摇头的现象。
皮肤感染：宝宝头皮有感染，如脓疱疮等，也会引起瘙痒，导致宝宝摇头。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持适宜的环境温度和湿度，及时给宝宝擦汗，勤换衣物。
2.给宝宝选择透气、舒适的棉质衣物，避免穿着过多或过少。
3.保持宝宝头皮清洁，及时清理头垢，但不要过度清洁，以免损伤头皮。
4.如果宝宝有湿疹，可以在医生的指导下使用湿疹膏进行治疗。
5.给宝宝补充维生素D，多晒太阳。
6.如果宝宝有中耳炎或其他皮肤感染，应及时就医治疗。
需要注意的是，如果宝宝摇头的情况比较严重，或者伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，应及时带宝宝就医，以便明确原因并进行相应的治疗。同时，家长在照顾宝宝时要细心观察，如有异常情况及时处理。