三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是正常的生理现象，也可能是由环境因素、皮肤问题、维生素D缺乏性佝偻病等原因引起的。以下是一些建议：
1.保持适宜的环境：确保宝宝的睡眠环境安静、舒适、温度适宜，避免过度刺激。
2.检查皮肤：注意观察宝宝的头部、颈部是否有皮疹、湿疹等皮肤问题，及时清洁和护理。
3.补充维生素D：宝宝出生后应常规补充维生素D，每天400-800IU，以促进钙的吸收。
4.及时就医：如果宝宝摇头的同时伴有多汗、夜惊、烦躁等症状，可能是维生素D缺乏性佝偻病的表现，需要及时就医，进行相关检查和治疗。
5.观察其他症状：注意观察宝宝是否有其他异常表现，如哭闹、呕吐、腹泻等，以便及时发现问题并采取相应的措施。
需要注意的是，三个月的宝宝还不能表达自己的不适，需要家长密切观察和细心照顾。如果宝宝的摇头症状持续不缓解或伴有其他异常，应及时就医，以便明确原因并进行针对性的治疗。