三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是正常的生理现象，也可能是由皮肤问题、维生素D缺乏、耳部疾病等原因引起的。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的生理现象：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，控制能力较差，容易出现摇头、手抖、一惊一乍等现象。这是正常的生理反应，随着宝宝的成长，这种现象会逐渐消失。
2.皮肤问题：如果宝宝头部出汗较多，或者患有湿疹、痱子等皮肤疾病，可能会因为瘙痒而摇头。建议保持宝宝头部清洁干燥，勤换衣物，避免过度保暖。如果有皮肤问题，可以咨询医生使用适当的药物治疗。
3.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致宝宝钙吸收不良，引起神经兴奋性增高，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。建议及时补充维生素D，多晒太阳。
4.耳部疾病：如果宝宝患有中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，可能会因为耳部不适而摇头。此外，鼻塞、流涕等症状也可能影响宝宝的呼吸，导致其通过摇头来缓解。如果宝宝有耳部不适或其他呼吸道症状，建议及时就医，进行相关检查和治疗。
5.其他原因：宝宝在浅睡眠状态时，也可能会出现摇头、微笑、吸吮等动作。此外，一些神经系统疾病、代谢性疾病等也可能导致宝宝睡觉摇头。如果宝宝除了摇头还伴有其他异常表现，或者摇头现象持续时间较长，建议及时就医，进行全面的检查和诊断。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，如果家长对宝宝的睡眠问题感到担忧，最好咨询医生的意见。同时，在宝宝睡觉的时候，要保持环境安静、舒适，避免过度刺激，有助于宝宝的睡眠。