肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵袭，从而引发肛腺感染，感染可蔓延至肛周间隙，形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便干结等原因容易损伤肛窦，比如长期便秘的人群，干结的大便通过肛管时，很容易擦伤肛窦，使细菌容易侵入肛腺。据统计，约有85%的肛周脓肿起始于肛窦损伤。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体起到润滑肛管的作用，但如果肛腺导管被堵塞，分泌的液体无法正常排出，就会导致肛腺感染，进而引发肛周脓肿。
身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 患有糖尿病等基础疾病的人，身体抵抗力相对较低，比如糖尿病患者血糖控制不佳时，白细胞的杀菌能力下降，容易受到细菌感染，从而增加肛周脓肿的发病风险。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2-3倍。长期熬夜人群： 长期熬夜会使身体的免疫系统功能紊乱，导致抵抗力下降，细菌就更容易在肛周部位滋生，引发感染形成脓肿。
其他感染蔓延因素
肛管直肠周围组织感染蔓延： 如肛管炎、直肠炎等炎症如果没有得到及时有效的控制，炎症可能会蔓延至肛周间隙，引起肛周脓肿。例如直肠炎患者，如果炎症持续刺激肛周组织，就可能导致肛周脓肿的发生。全身性感染扩散： 当身体其他部位发生严重感染时，细菌可通过血液循环传播到肛周部位，引起肛周脓肿。比如肺部感染严重时，细菌随血液到达肛周，就可能引发肛周脓肿。