女性甲减通常是由多种因素造成的。其中，自身免疫性疾病是常见原因之一，像桥本甲状腺炎就会破坏甲状腺组织，导致甲状腺激素分泌不足，约占女性甲减病因的80%以上。
自身免疫因素
桥本甲状腺炎导致： 这是一种自身免疫性疾病，身体的免疫系统错误地攻击甲状腺，使得甲状腺逐渐受损，无法正常合成足够的甲状腺激素。女性患桥本甲状腺炎的概率相对较高，尤其是有家族遗传倾向的女性更容易发病。其他自身免疫病关联： 比如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，也可能会并发甲减，这些疾病会影响身体的免疫调节机制，进而波及甲状腺功能。
甲状腺手术或放射性碘治疗后
甲状腺手术影响： 有些女性因为甲状腺结节、甲亢等疾病接受了甲状腺部分或全部切除术，手术过程中如果切除了过多的甲状腺组织，就会使甲状腺激素的分泌量减少，从而引发甲减。一般甲状腺全切术后，约50% - 70%的患者会逐渐发展为甲减。放射性碘治疗后： 用于治疗甲亢的放射性碘治疗，在破坏甲状腺细胞治疗甲亢的同时，也可能导致甲状腺功能减退。通常在放射性碘治疗后的数月至数年，部分患者会出现甲减的情况。
药物等外界因素影响
某些药物作用： 一些药物可能会影响甲状腺功能，比如胺碘酮，长期服用胺碘酮的女性，约有15% - 20%会出现甲减。另外，锂剂等药物也可能对甲状腺功能产生不良影响，干扰甲状腺激素的合成或释放。碘摄入异常： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入不足或过量都可能引发甲减。女性如果长期碘摄入不足，会导致甲状腺激素合成减少；而长期大量摄入碘，也可能影响甲状腺的正常功能，引发甲减。比如一些地区饮食中碘含量不均衡，就可能导致当地女性甲减患病率有所波动。