女性甲减的成因较多，其中自身免疫性疾病是常见原因之一，像桥本甲状腺炎就会攻击甲状腺，约占女性甲减病因的80%左右。
自身免疫性因素
桥本甲状腺炎导致： 自身免疫系统错误地将甲状腺当作外来异物进行攻击，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的正常合成与分泌，从而引发甲减。这种自身免疫性的损伤是一个慢性过程，可能在多年后才逐渐显现出甲减的症状。其他自身免疫病关联： 比如1型糖尿病患者，同时患甲减的风险也会增加，因为自身免疫紊乱可能同时影响多个内分泌器官。
放射性碘治疗影响
治疗甲亢后的继发： 有些女性因甲亢接受放射性碘治疗，放射性物质在破坏过多甲状腺细胞的同时，也可能导致甲状腺功能减退。一般在放射性碘治疗后的数月至数年，可能会出现甲减的情况，有研究显示约有50% - 70%接受放射性碘治疗的甲亢患者在10年后会发展为甲减。治疗剂量相关： 放射性碘的治疗剂量如果掌握不当，过高的剂量更容易引发甲减。
手术切除甲状腺所致
甲状腺手术影响： 部分女性因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行了甲状腺手术，若切除甲状腺组织过多，剩余的甲状腺组织无法产生足够的甲状腺激素，就会引发甲减。比如甲状腺癌患者进行甲状腺全切术后，几乎都需要终身补充甲状腺激素来维持甲状腺功能正常。手术操作程度： 手术中对甲状腺组织的切除范围、医生的操作水平等都会影响术后甲减的发生概率。
药物等外界因素干扰
某些药物作用： 像胺碘酮这类药物，长期服用可能会影响甲状腺的功能，导致甲减。因为胺碘酮中含碘量较高，会干扰甲状腺激素的代谢。营养缺乏影响： 长期碘摄入不足也会引发甲减，尤其是在一些碘缺乏地区，女性如果饮食中碘摄入不够，甲状腺激素合成原料不足，就容易出现甲减。比如一些山区的女性长期食用含碘量低的食物，就可能面临碘缺乏性甲减的风险。