肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后处理不及时或不当发展而来。
感染因素导致肛瘘
肛周脓肿破溃： 肛门直肠部位发生感染形成脓肿，脓肿若没有得到及时有效的处理，自行破溃或者经人为切开引流后，脓腔壁会逐渐形成结缔组织增生的管道，也就是肛瘘。比如，肛周脓肿患者没有在发病初期积极规范治疗，就很容易发展为肛瘘。会阴部手术感染： 比如痔疮手术、直肠肛门部位的手术，如果手术过程中消毒不严格或者患者术后护理不当，导致伤口感染，也可能引发肛瘘。像一些痔疮手术患者，术后如果伤口发生感染，就有引发肛瘘的风险。
直肠肛门损伤引发肛瘘
外伤： 肛门部位受到外力撞击等外伤，比如骑跨伤等，可能会导致肛管直肠受损，细菌趁机侵入，进而引发感染形成肛瘘。例如，有过肛门部位外伤史的人，相对更容易出现肛瘘问题。医源性损伤： 在进行肛门直肠相关检查时，如肠镜检查，如果操作不当造成直肠肛门损伤，也可能引发感染形成肛瘘。比如肠镜检查时用力过猛导致肠壁损伤，后续可能引发感染形成肛瘘。
其他因素与肛瘘的关联
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。如果累及肛管直肠部位，就容易并发肛瘘。据相关研究，克罗恩病患者中约有20% - 30%会出现肛瘘并发症。结核杆菌感染： 结核杆菌感染也可能引起肛瘘。比如患者有肺结核等结核病史，结核杆菌通过血液循环等途径到达肛门直肠部位，引发感染形成肛瘘。不过这种情况相对较少见，但也是肛瘘的一个潜在病因。