肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来，大约50%的肛瘘患者在脓肿形成前有肛腺感染的情况。
一、肛腺感染引发肛瘘
肛腺位置特点： 肛腺位于肛管直肠交界处，开口于肛窦，而肛窦容易受到粪便等物质的污染，一旦发生感染，炎症就容易向周围蔓延。当肛腺感染后，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙扩散，逐渐形成脓肿，若脓肿自行破溃或经手术切开引流后，就很容易形成肛瘘。例如，有研究发现，约85%的肛瘘患者是因为肛腺感染起始引发后续病变。肛窦损伤因素： 腹泻、便秘等情况容易导致肛窦损伤，进而使细菌更容易侵入肛腺。比如长期便秘的人，大便干结，排便时容易擦伤肛窦，增加肛腺感染的风险，从而为肛瘘的形成埋下隐患。
二、肛周脓肿处理不当导致肛瘘
脓肿自行破溃未规范处理： 肛周脓肿形成后，如果脓肿自行破溃，但是破溃口较小，脓液引流不彻底，就会使感染灶持续存在，炎症反复刺激，管道就会逐渐形成，最终发展为肛瘘。一般来说，肛周脓肿发生后如果不进行规范的手术治疗，约有三分之一的患者会发展为肛瘘。脓肿切开引流操作不恰当： 在对肛周脓肿进行切开引流时，如果手术切口选择不当，或者引流不充分，也会导致肛瘘形成。比如切口位置偏离了感染的核心区域，就无法将脓液完全引流出，炎症持续存在，就容易形成肛瘘。
三、其他相关因素增加肛瘘风险
克罗恩病等疾病影响： 一些肠道疾病也会增加肛瘘的发生风险，比如克罗恩病。克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道的任何部位，当累及肛管直肠时，容易引起肛周病变，包括肛瘘。有资料显示，克罗恩病患者中约有20% - 30%会并发肛瘘。糖尿病患者易患肛瘘： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的抵抗力相对较低，容易发生各种感染。肛周皮肤和组织受到感染后，愈合能力较差，所以糖尿病患者发生肛瘘的几率比正常人要高。据统计，糖尿病患者患肛瘘的概率比非糖尿病患者高2 - 3倍。