肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因直肠肛管周围脓肿自行破溃或切开引流后演变而来。
肛瘘形成的常见原因一：肛门腺感染
肛门腺特点： 肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦易受损伤及细菌侵入，进而感染肛门腺。肛门腺一旦感染，炎症会向周围蔓延，逐渐形成脓肿，脓肿破溃后就容易发展为肛瘘。高危行为： 长期腹泻或便秘的人，肛窦更容易受损，从而增加肛门腺感染的风险，进而引发肛瘘。
肛瘘形成的常见原因二：直肠肛门损伤
外伤因素： 比如吞咽骨头、金属异物，或者肛门受外伤，这些都可能导致直肠肛门受损，细菌趁机侵入伤口，引发感染，最终形成肛瘘。医疗操作： 内镜检查等医疗操作如果不规范，也可能损伤直肠肛门，引发感染形成肛瘘。
肛瘘形成的常见原因三：结核杆菌感染
结核影响： 结核杆菌可侵犯肛管直肠，引发结核性肛瘘。这类肛瘘一般病程较长，病情相对比较隐匿。结核病史： 有结核病史的人，尤其是肺部结核等，要警惕结核杆菌蔓延至肛管直肠引发肛瘘。
肛瘘形成的常见原因四：克罗恩病等疾病影响
克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位，当累及肛管直肠时，也可能导致肛瘘的形成。这类肛瘘往往病情较为复杂，治疗也相对棘手。溃疡性结肠炎： 溃疡性结肠炎患者肠道黏膜处于炎症状态，也可能增加肛瘘的发生几率。