肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约 90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后遗留的后遗症。
肛周感染因素
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵入，引发肛腺感染。感染可蔓延至肛管直肠周围间隙，形成脓肿，脓肿破溃后，若处理不彻底，就容易形成肛瘘。一般来说，约 80%的肛瘘与肛腺感染有关。直肠肛门损伤： 外伤、吞咽骨头、金属异物等，可损伤肛管直肠，细菌侵入伤口后会引起感染，进而形成肛瘘。比如，做肛门指检等操作时，如果操作不当，也可能导致肛管直肠受损引发感染。
特异性炎症影响
结核杆菌感染： 结核杆菌可侵犯肛管直肠，引起结核性肛瘘。这类肛瘘通常病程较长，症状相对不典型，常伴有低热、盗汗、乏力等全身症状。在结核病高发地区，结核性肛瘘也有一定的发生率。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛管直肠时，容易并发肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘往往病情复杂，治疗较为困难，且容易复发。
其他相关因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，由于身体免疫力较低，容易受到细菌感染，发生肛管直肠周围脓肿的风险增加，进而引发肛瘘。例如，糖尿病患者血糖控制不佳时，白细胞的吞噬功能受到影响，抗感染能力下降。不良生活习惯： 长期酗酒、久坐、便秘等也可能增加肛瘘的发生风险。酗酒会影响身体的免疫功能和局部血液循环；久坐会使肛管直肠部位血液循环不畅，容易淤血；便秘时，干结的粪便容易损伤肛管直肠黏膜，导致细菌入侵，引发感染形成肛瘘。一般来说，长期有这些不良生活习惯的人，肛瘘的发病几率比生活习惯良好的人高出约 30%。