肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医称为肛漏。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，脓肿自行破溃或切开引流后，常形成肛瘘。
内口感染：绝大多数肛瘘由肛管直肠周围脓肿引起，多因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周脓肿切开或自行破溃后，引起肛腺感染，形成肛管直肠周围脓肿。
局部刺激：经常吃辛辣、油腻等带刺激性的食物，可刺激胃肠道，导致食物消化不彻底，产生大量的硫化氢、吲哚、苯酚等化学物质，这些物质会刺激肛门直肠黏膜，导致局部感染，从而引发肛瘘。
肛门局部感染：因肛裂、痔疮等疾病，在排便时，粪便会刺激肛门皮肤，导致肛窦炎，进而感染肛腺，形成肛周脓肿，脓肿自行破溃或切开引流后，形成肛瘘。
肛管直肠损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌容易从伤口进入引发感染形成肛瘘。
其他因素：
结核：吞咽结核菌可引起肛周脓肿，不适当的治疗可引起肛瘘。
克罗恩病：伴发肛瘘较多。
溃疡性结肠炎：并发肛瘘也不少见。