宝宝早上起床咳嗽厉害的原因包括生活习惯、炎症以及咳嗽变异性哮喘等，需根据具体情况进行处理。
一、生活习惯方面：
1.若晚上睡觉前进食过咸食物，或者夜间室内温度较低且气候干燥，都可能引发早上起床咳嗽厉害。在生活习惯的调理上，晚上应避免食用过咸食物。如果室内温度过于干燥，可以开启加湿器，让室内温度保持在24℃左右，湿度维持在55%至60%。
二、炎症方面：
1.若患有鼻炎或鼻窦炎，特别是过敏性鼻炎，晚上睡觉时因体位关系，黏液会流入咽后壁，早上咽后壁的黏液刺激到咳嗽感受器，就会导致咳嗽厉害。通常可以通过清洗鼻子来缓解症状，如果是过敏性鼻炎，尤其在季节变换时，可以服用孟鲁司特钠等抗过敏药物，同时用生理盐水清洗鼻子。
三、咳嗽变异性哮喘方面：
1.当患有咳嗽变异性哮喘时，早上遇到冷空气会引发咳嗽，可以使用小儿咳喘灵颗粒、消咳喘糖浆等药物进行治疗。
总之，当宝宝早上起床咳嗽厉害时，要仔细分析原因，采取针对性的措施进行处理，以缓解宝宝的不适。