两个月宝宝眼睛肿的原因包括正常生理现象以及可能患有肾脏疾病、眼部疾病等。家长应及时带宝宝就医并完善检查以明确诊断，而后进行针对性治疗。
一、生理现象：
1.宝宝在胚胎时期长时间浸泡在羊水中，出生后两个月内其皮肤含水量较丰富，尤其眼睛周围，可能因水液循环代谢不佳而容易出现眼睛肿的情况，这种通常无需家长过度担心，肿胀一般可自行消失。
2.两个月宝宝若平时喜欢哭闹或睡眠不佳，也可能导致眼睛肿。
二、肾脏疾病：
如果宝宝患有先天性肾脏疾病，可能引起全身水液代谢失衡，眼部水液代谢不完善时就会造成眼睛肿，按压后会有凹陷表现。建议及时前往医院进行尿常规检查来判断。
三、眼部疾病：
两个月宝宝由于平时接触异物，或者用不卫生的手揉眼睛可能引发结膜炎、麦粒肿、角膜炎等眼部疾病，从而出现眼睛周围红肿、瘙痒等症状，家长应尽早带宝宝到医院就诊。
总之，当发现两个月宝宝眼睛肿时，要考虑到多种可能原因，及时就医检查以明确具体情况并采取合适的处理措施。