线粒体脑肌病患者的存活时间因人而异，无确切统计数据。其预后与发病年龄及临床表现紧密相关，发病越早、症状越多则预后越差，一般约5-6年。该病症呈慢性进行性发展，主要累及骨骼肌与中枢神经系统脑组织，且有不同类型：
一、若为慢性进行性眼外肌麻痹：
1.病人不伴肢体和咽喉部无力，可存活十几年。
2.若伴有咽喉部及呼吸肌无力，可能仅存活数年或5-6年，死亡率无明确统计。
二、若出现视网膜色素变性、心脏传导阻滞和慢性进行性眼外肌麻痹三联征表现，病人可能20岁前死于心脏病。
三、若为美尼尔氏综合征的病人，常伴有偏瘫、偏盲、反复癫痫发作、智力下降，病情加重后脑萎缩明显，存活几率约5-6年。
四、若为肌阵挛性癫痫伴碎红肌纤维病综合征患者，主要特征为肌阵挛性癫痫发作、小脑性共济失调、智力障碍和四肢近端无力，儿童期发病，存活期约十几年。
总之，线粒体脑肌病患者应尽早到医院就诊并规范治疗。