线粒体脑肌病的治疗方法包含一般治疗、急症治疗、药物治疗以及手术治疗。
一、一般治疗
要注重饮食调节，多进食高蛋白、高碳水化合物食物。适度运动，放松心情，以增强自身抵抗力。
二、急症治疗
1.需依据出现的症状选用相应药物进行治疗，同时密切监测血压和血氧饱和度。
2.卒中样发作时，可在医生指导下用L-精氨酸治疗，使用时要密切观察患者生命体征并及时进行肝肾功能检测。
3.急性水肿或病灶较大时，可使用糖皮质激素类药物治疗，但要注意患者血压及血氧饱和度。
4.癫痫发作时，可使用苯妥英钠，因其对大脑皮层运动区有高度选择性抑制作用，对癫痫大发作效果较好；癫痫小发作可选用乙琥胺，此外还有丙戊酸钠、卡马西平等抗癫痫药物。
三、药物治疗
1.三磷酸腺苷：可静脉滴注三磷酸腺苷、辅酶A。用于进行性肌萎缩、脑出血后遗症、心功能不全等，可能出现胃肠道反应、过敏等不良反应。
2.辅酶Q10：是一种辅酶类药物，可用于病毒性心肌炎、肝炎、肝功能不全、慢性心功能不全、恶性肿瘤等疾病的辅助治疗，起到保心、保肝作用，常见不良反应有胃部不适、食欲减退、恶心、腹泻、心慌等，极少数患者有轻度过敏，如出现皮疹。
3.维生素B族：能提高人体免疫力、缓解精神压力、提升胃肠道消化吸收作用等，大剂量使用可能出现烦躁、疲倦、影响食欲减退，偶有皮肤潮红或瘙痒等过敏反应。
4.左卡尼汀：可促进代谢、改善能量代谢，用于预防慢性肾衰患者因血透引发的左卡尼汀缺乏，以及改善心脏供血不足、抗心绞痛等，副作用为偶有口干、消化道轻微不适，停药后可自行消失。
四、手术治疗
为缓解慢性进行性眼外肌瘫痪或Kearns-Sayre综合征患者上睑下垂及斜视症状，多数患者可进行手术治疗；Kearns-Sayre综合征患者出现吞咽困难时，切除部分肌肉可改善；线粒体耳聋患者佩戴助听器无效时可植入耳蜗；存在线粒体心肌病患者经评估后可进行心脏移植；Kearns-Sayre综合征患者出现重度心脏传导阻滞时可用心脏起搏器。此外，对于偏瘫患者可进行康复训练，但具体训练内容需经医生面诊确定，以免方法不当起反作用。
综上所述，线粒体脑肌病有多种治疗方法，需根据具体病情选择合适的治疗方案。