白塞氏病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传、感染等多种因素有关。研究显示，白塞氏病具有一定的遗传易感性，有部分患者存在特定基因的突变，比如人类白细胞抗原（HLA）-B51基因与白塞氏病的发病密切相关，在某些地区，携带HLA-B51基因的人群中白塞氏病的发病率比不携带该基因的人群高很多。
遗传因素相关
基因关联： 大量研究发现，白塞氏病的发生与遗传因素密切相关。其中HLA - B51基因是一个重要的关联基因，在白塞氏病患者中，HLA - B51基因的携带率明显高于正常人群。例如在一些白塞氏病高发地区，携带HLA - B51基因的人群患白塞氏病的风险比不携带该基因的人群高10 - 15倍左右。家族聚集性： 白塞氏病存在家族聚集现象，如果一个家族中有白塞氏病患者，那么家族其他成员患白塞氏病的概率会比普通人群高。这表明遗传因素在白塞氏病的发病中起到了重要作用，但并非单一基因决定，而是多基因参与的复杂过程。
感染因素影响
病毒感染： 有研究认为病毒感染可能与白塞氏病的发病有关。例如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等感染可能会触发人体的免疫反应，导致自身免疫紊乱，进而引发白塞氏病。有研究发现，在白塞氏病患者的病变组织中，可能检测到病毒相关的抗原或核酸成分。细菌感染： 细菌感染也可能是诱因之一。比如链球菌、结核杆菌等感染。有报道称，部分白塞氏病患者在发病前有过结核杆菌感染的病史，当人体感染结核杆菌后，机体的免疫机制被激活，可能产生异常的免疫反应，累及多个系统，引发白塞氏病相关的症状。
免疫异常方面
自身免疫反应： 白塞氏病患者存在明显的免疫异常。患者体内的免疫系统会错误地攻击自身组织和器官。例如，患者体内会产生大量自身抗体，如抗口腔黏膜抗体等，这些自身抗体参与了对白塞氏病患者口腔、眼部、生殖器等部位组织的损伤过程。免疫系统中的T淋巴细胞和B淋巴细胞功能也出现异常，T淋巴细胞的亚群失衡，B淋巴细胞过度活化，产生过多的免疫球蛋白等，导致炎症反应的持续存在，进而出现白塞氏病的一系列临床表现，如口腔溃疡、眼部炎症、生殖器溃疡等。