川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究认为可能与感染因素、免疫因素等有关。目前科学研究倾向于它是在遗传易感性基础上，由感染等因素触发的异常免疫反应导致。
感染因素相关情况
病毒感染可能：有研究发现，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、柯萨奇病毒等。不过具体哪种病毒确切关联还在进一步研究中，但这些病毒感染后可能会引发机体的异常免疫应答，从而增加患川崎病的风险。细菌感染关联：部分研究也关注到细菌感染，像链球菌感染等，但目前还没有确凿证据表明细菌是直接引发川崎病的元凶，不过细菌感染可能作为一个诱因参与到川崎病的发病过程中。
免疫因素相关情况
异常免疫反应：川崎病患儿体内会出现免疫系统的异常激活。例如，机体的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会被过度激活，产生大量的细胞因子和炎症介质。这些炎症介质会导致血管的炎症反应，进而引起全身小血管炎，累及冠状动脉等重要血管。免疫调节失衡：正常的免疫调节机制被打破，机体的免疫平衡被打乱。原本应该起到保护作用的免疫反应变得过度强烈，对自身血管等组织造成攻击，导致川崎病的一系列临床症状出现，如发热、皮疹、黏膜炎症等表现。
遗传易感性方面
家族聚集性：部分研究发现川崎病存在一定的家族聚集现象，也就是说如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增高。这提示遗传因素在川崎病的发病中可能起到一定作用，但具体的遗传机制还需要更深入的研究来明确，目前已经发现一些基因位点可能与川崎病的易感性相关，但还没有完全清晰其具体的遗传传递和发病关联方式。