甲状腺激素低通常称为甲状腺功能减退，其原因有多种。比如自身免疫性疾病，像桥本甲状腺炎，这是最常见的导致甲状腺激素低的原因之一，约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。
自身免疫性疾病因素
桥本甲状腺炎： 机体免疫系统错误地攻击甲状腺，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺合成和分泌甲状腺激素。这种情况往往是自身免疫紊乱导致，有一定的遗传易感性，但具体遗传方式较复杂。萎缩性甲状腺炎： 也是自身免疫相关，免疫系统攻击甲状腺组织，导致甲状腺萎缩，功能减退，甲状腺激素分泌减少。
甲状腺手术或放射性碘治疗因素
甲状腺手术： 如果因甲状腺结节、甲状腺癌等进行了甲状腺部分或全部切除手术，剩余甲状腺组织不能合成足够的甲状腺激素来维持正常水平。一般手术切除甲状腺组织越多，发生甲状腺激素低的风险越高，若切除全部甲状腺，就需要终身外源性补充甲状腺激素。放射性碘治疗： 常用于治疗甲状腺功能亢进症，放射性碘会破坏甲状腺细胞，使甲状腺激素合成减少。治疗后数周或数月可能逐渐出现甲状腺功能减退，部分患者可能发展为永久性甲状腺功能减退。
下丘脑或垂体病变因素
下丘脑病变： 下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素（TRH）减少，会影响垂体分泌促甲状腺激素（TSH），进而影响甲状腺分泌甲状腺激素。下丘脑病变可能由肿瘤、炎症等引起。垂体病变： 垂体发生肿瘤、缺血性坏死等病变时，会导致垂体分泌TSH不足，从而使甲状腺激素分泌减少。例如垂体瘤压迫垂体，影响TSH的正常分泌，就会引发甲状腺功能减退。