肛门直肠脓肿主要症状有局部疼痛，通常疼痛比较明显，尤其是在坐立、行走或者排便时可能会加重，有的患者疼痛程度较剧烈。另外，局部会有红肿表现，病变部位皮肤温度可能升高，触摸时能感觉到肿块，有压痛。部分患者还会出现全身症状，比如发热，体温可能会升高至38℃~39℃左右，有的患者还可能伴有乏力、食欲减退等表现。
局部症状表现
红肿情况： 脓肿部位的皮肤会发红，以肛门周围为例，可能能看到明显的红肿区域，边界有时不太清晰。肿块情况： 用手触摸能感觉到皮下有硬结样的肿块，肿块大小不一，小的可能直径在1~2厘米左右，大的可能会更大。
疼痛特点
疼痛性质： 多为持续性的胀痛或者跳痛。如果是低位的肛门直肠脓肿，疼痛相对更明显，因为靠近体表，神经分布相对丰富。疼痛与活动关系： 当患者行走时，由于局部受到摩擦和压迫，疼痛会加重；排便时，粪便刺激脓肿部位，也会使疼痛加剧。
全身症状表现
发热情况： 一般是中度发热，体温在38℃上下，但也有部分患者体温能达到39℃以上。发热持续时间因人而异，有的患者可能发热1~2天，有的可能会持续较长时间。全身不适： 除了发热，患者还会感觉乏力，不想活动，食欲也会受到影响，吃不下东西。有的患者还可能出现寒战等症状。
不同类型脓肿的特殊表现
肛周皮下脓肿： 主要表现为肛门周围持续性疼痛，病变处明显红肿，有硬结和压痛，脓肿形成时可有波动感。坐骨直肠窝脓肿： 患者有较为明显的全身症状，如发热、寒战、乏力等，局部症状初期为持续胀痛，逐渐发展为明显跳痛，肛门患侧红肿，甚至坐立不安。骨盆直肠间隙脓肿： 全身症状较重，如高热、寒战、疲倦等，局部症状相对较轻，仅有直肠坠胀感，可有便意不尽、排尿困难等表现。