来完月经肚子疼腰疼可能由多种原因引起。一般来说，部分女性在月经结束后仍出现肚子疼腰疼，可能与盆腔充血未完全消退有关，这种情况较为常见，约有30% - 40%的女性会有一定程度的此类表现。
生理性原因
子宫收缩：月经刚结束时，子宫可能还会有少量收缩，以排出残留的内膜等组织，这种收缩可能会牵扯到周围组织，导致肚子和腰部出现轻微的疼痛不适，通常疼痛程度较轻，持续时间较短，一般1 - 2天内可自行缓解。激素变化：月经期间体内激素水平有变化，月经结束后激素水平的调整可能还未完全稳定，这也可能会对盆腔等部位产生一定影响，进而引起肚子疼腰疼，这种情况随着激素水平逐渐平稳，症状也会慢慢消失。
病理性原因
盆腔炎：如果患有盆腔炎，即使月经结束，炎症仍然可能存在，炎症刺激会导致盆腔组织充血、水肿，从而出现肚子疼腰疼的情况，而且这种疼痛可能会持续存在，还可能伴有白带增多、异味等症状。盆腔炎在女性中的发生率约为10% - 15%。子宫内膜异位症：子宫内膜异位症患者，异位的内膜组织可能在盆腔等部位，月经结束后异位内膜也可能会有出血等情况，刺激周围组织引发肚子疼腰疼，疼痛可能会逐渐加重，有的患者还会出现月经周期延长、经量增多等表现。子宫腺肌病：子宫腺肌病是子宫内膜腺体和间质侵入子宫肌层导致的，月经结束后，子宫肌层内的异位内膜仍可能有充血等情况，引起肚子和腰部疼痛，患者往往还会有进行性加重的痛经表现，经量也会增多。
其他因素
腰部疾病：本身有腰部疾病，如腰肌劳损、腰椎间盘突出等，月经结束后身体的一些变化可能会诱发或加重腰部疼痛，同时可能也会牵扯到腹部，导致肚子疼腰疼的感觉。比如有腰椎间盘突出的女性，月经结束后身体姿势稍有不当，就可能引发腰部疼痛并放射到腹部。腹部疾病：一些腹部的疾病，如肠道炎症、泌尿系统结石等，也可能导致肚子和腰部疼痛，而刚好在月经结束后发作，容易让人误以为是月经相关的疼痛。比如泌尿系统结石，除了腰腹部疼痛，还可能伴有血尿等症状。