慢性胃肠炎常见症状有消化道不适，约70% - 80%的患者会出现不同程度的腹痛，多为隐痛、胀痛，疼痛部位不固定，一般在肚脐周围或上腹部。还会有消化不良表现，大约60%以上的患者会有食欲减退、餐后饱胀感，吃一点东西就觉得肚子饱胀，不想再进食。另外，肠道功能紊乱也是常见症状，约50% - 60%的患者会出现腹泻或便秘，腹泻时大便不成形，一天可能排便3 - 5次甚至更多；便秘时排便困难，间隔时间延长。
腹痛特点
部位不固定：慢性胃肠炎引起的腹痛位置不太固定，可能今天在肚脐上方，明天又转移到肚脐周围，没有特定的疼痛区域。疼痛性质多样：主要是隐痛、胀痛，有的患者感觉像肚子里有气在窜动般的痛，有的则是持续的隐隐作痛，疼痛程度一般不是很剧烈，但会持续存在或反复发作。
消化不良表现
食欲减退：患者对食物的兴趣降低，以前喜欢吃的东西现在看到就没胃口，每天摄入的食物量明显减少。餐后饱胀明显：进食少量食物后，就会出现肚子饱胀的感觉，即使过了很长时间，这种饱胀感也不会消失，还可能伴有嗳气，感觉有气体从胃里往上涌。
肠道功能紊乱情况
腹泻特征：大便多为稀糊状，水分含量较多，每天排便次数增多，可能达到3 - 5次，严重时会更多。而且腹泻没有明显的规律，可能在进食后不久就会发生。便秘特征：排便间隔时间延长，有的患者3 - 5天才排便一次，大便干结，排便时需要用力，感觉排便困难，粪便呈颗粒状或者像羊屎蛋一样。