宝宝发热39℃且手脚冰凉时的处理方法如下：
一、药物退热。宝宝发热39℃且手脚冰凉是常见表现，这主要是血管收缩致末梢循环不佳引起手脚冰凉。可选择含对乙酰氨基酚或布洛芬成分的退热药物口服，或使用相应退热药物栓剂治疗（择其一即可）。
1.对乙酰氨基酚：适用于儿童普通感冒或流行性感冒引起的发热，也用于缓解轻至中度疼痛。
2.布洛芬：具有抗炎、镇痛、解热功效，用于缓解轻至中度疼痛如头痛、关节痛、偏头痛、牙痛等，也用于普通感冒或流行性感冒引起的发热。
二、多喝温热水。让宝宝适当多喝温热水，勤喝温热水有利于体温恢复正常。
三、物理降温。用温热水擦拭时，仅针对颈部、腋下、腹股沟等血管丰富部位进行擦拭，但前提是宝宝无明显寒战情况，若宝宝有寒战表现则不建议擦拭，否则会让宝宝很不舒服。
四、热水泡脚。给宝宝适当用热水泡脚，可缓解手脚凉现象，还能促进和恢复血液循环，更有利于体温恢复正常。
总之，当宝宝出现发热39℃且手脚冰凉的情况时，可综合采取以上方法来帮助宝宝退热，同时要密切关注宝宝的状态，若发热持续不退或出现其他异常情况，应及时就医。