肠炎通常由多种原因引起，比如感染因素，像细菌感染中，大约有10% - 15%的肠炎是由沙门氏菌属感染导致的，常见的有鼠伤寒沙门氏菌等；病毒感染里，轮状病毒是婴幼儿肠炎的常见致病原，尤其在秋冬季节高发。
感染因素相关
细菌感染：除了沙门氏菌，大肠杆菌也是常见的引发肠炎的细菌。一些被污染的食物，比如未煮熟的肉类、变质的蔬菜等，容易携带大肠杆菌，从而引发肠道感染导致肠炎。病毒感染：除了轮状病毒，诺如病毒也是导致肠炎的重要病毒之一。诺如病毒具有很强的传染性，常在人群密集的场所如学校、幼儿园、医院等引起暴发流行，主要通过被污染的水源、食物等传播。
自身免疫因素相关
肠道自身免疫紊乱：某些自身免疫性疾病会累及肠道，引发肠炎。例如溃疡性结肠炎，这是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，病因尚不完全明确，但与自身免疫反应密切相关，患者肠道会出现持续的炎症反应，表现为腹痛、腹泻、黏液脓血便等症状。其他自身免疫病关联：像克罗恩病，也是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，同样与自身免疫因素有关，病变可累及肠道的任何部位，从口腔到肛门都可能出现炎症，患者会有腹痛、腹泻、体重下降等表现。
饮食因素相关
不合理饮食刺激：长期食用辛辣、油腻、刺激性食物，会对肠道黏膜造成损伤，容易引发肠炎。比如经常大量吃辣椒、油炸食品等，会刺激肠道，导致肠道黏膜充血、水肿，进而引发炎症反应。食物过敏：有些人对特定食物过敏，比如对牛奶中的蛋白质过敏，食用含牛奶的食物后，肠道会出现过敏反应，表现为腹泻、腹痛等肠炎症状。还有对海鲜过敏的人，进食海鲜后也可能引发肠道的过敏炎症。