男性衣原体感染后，部分人可能没有明显症状，而有症状的人表现多样。一般来说，男性感染衣原体后，可能在1~3周左右出现一些表现。
泌尿生殖系统表现
尿道炎表现： 男性感染衣原体后较常见的是尿道炎，会出现尿道刺痒，这种刺痒感可能比较轻微，但持续存在。同时可能有尿频的情况，表现为排尿次数比平时增多。还可能有少量稀薄的分泌物，晨起时可能会发现尿道口有少量黏液性分泌物，或者内裤上有少量污迹。附睾炎表现： 部分男性衣原体感染可能累及附睾，导致附睾炎。此时会出现附睾肿大、疼痛，触摸附睾时能感觉到肿胀，疼痛可能会放射到阴囊、大腿根部等部位。而且在触摸附睾时，质地可能会变硬，活动时疼痛可能会加剧。
其他可能表现
直肠感染表现： 如果是有肛交行为的男性感染衣原体，可能会引起直肠感染。会出现直肠部位的不适，如直肠疼痛、瘙痒，还可能有黏液性分泌物从直肠排出，严重时可能会出现腹泻等症状。前列腺炎表现： 少数男性衣原体感染可能引发前列腺炎，会出现会阴部坠胀不适，排尿时可能会有尿道灼热感，部分人还可能出现尿频、尿急等类似尿道炎的症状，但相对不典型。
与其他疾病的鉴别
需要注意与淋菌性尿道炎相鉴别，淋菌性尿道炎的分泌物一般比较浓稠，多为脓性，而衣原体感染的分泌物相对较稀薄。同时也要与非特异性尿道炎鉴别，非特异性尿道炎的病因可能有细菌等其他病原体，症状表现与衣原体感染有相似之处，但通过实验室检查，如衣原体检测等可以明确区分。