上呼吸道感染大多由病毒引起，约有70%~80%是由病毒导致，像鼻病毒、冠状病毒、流感病毒等都可能引发。细菌感染也能引起，比如A组β溶血性链球菌等，约占20%~30%。另外，环境因素也有影响，当气候突变，如受凉、淋雨、过度疲劳等，会使全身或呼吸道局部防御功能降低，从而让已存在于上呼吸道的或从外界侵入的病毒、细菌大量繁殖，引发感染。
病毒因素导致
常见病毒种类： 鼻病毒是引发普通感冒最常见的病原体之一，它有很多血清型，能造成反复感染。流感病毒分为甲型、乙型、丙型，其中甲型流感病毒容易出现变异，可能引发大流行。比如甲型H1N1流感病毒曾引起过全球性的流感疫情。冠状病毒也可导致上呼吸道感染，像引发非典型肺炎的冠状病毒以及引发普通感冒的某些冠状病毒亚型。病毒传播方式： 病毒主要通过飞沫传播，比如患者打喷嚏、咳嗽时产生的飞沫，健康人吸入后就可能被感染。还能通过接触传播，手接触了被病毒污染的物品，再触摸自己的口鼻等部位，就会感染病毒。
细菌因素导致
常见致病细菌： A组β溶血性链球菌是导致化脓性扁桃体炎等上呼吸道细菌感染的常见病菌。肺炎链球菌也可能引起上呼吸道感染相关的疾病，比如引发细菌性咽炎等。细菌感染途径： 细菌感染往往是在人体局部防御功能下降时发生。比如当呼吸道黏膜受损，细菌就容易侵入并繁殖。像在冬季，人们室内活动多，空气不流通，细菌更容易传播，从而增加上呼吸道细菌感染的几率。
环境与自身因素导致
气候与环境影响： 当气温骤降，人体血管收缩，局部血液循环不畅，呼吸道黏膜的防御功能降低，就容易让病原体入侵。比如在寒冷的冬天，上呼吸道感染的发病率会有所升高。长期处于污染的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激呼吸道，损伤呼吸道黏膜，使人体更容易受到病毒、细菌的侵袭，像工业污染严重的地区，上呼吸道感染的发生率可能相对较高。自身抵抗力因素： 体质较弱的人，比如老年人、儿童等，自身抵抗力相对较差。老年人各器官功能衰退，免疫功能下降；儿童的免疫系统还在发育阶段，所以他们更容易患上呼吸道感染。长期缺乏运动、营养不良等也会使自身抵抗力降低，增加上呼吸道感染的风险。比如长期挑食的儿童，容易出现营养不均衡，从而影响身体的抵抗力。